上海商标律师网《专利法》第六十条是本次修改的新增条款，该条分两个层次规定了侵权损害赔偿数额的三种计算方法：
首先按照权利人损失或者侵权人获利计算，该两项难以确定的，则参照专利许可使用费的倍数合理确定赔偿数额。该条规定除了与专利审判实践中经常采用的赔偿额计算方法基本一致外，又增加了参照专利许可使用费倍数的新规定，而且没有将实践中经常采用的定额赔偿方法规定进去。
为此，规定第二十条至二十二条以全部赔偿为原则，结合专利法第六十条、最高人民法院1992年“解答”的有关规定以及吴县会议纪要等文件的相关内容，对赔偿问题作了较为具体的规定。
首先，该规定第二十条规定，人民法院可以根据权利人的请求，按照权利人损失或者侵权人获利计算赔偿数额。人民法院不宜依职权自行确定计算赔偿额的方法。
权利人损失一般可以通过专利产品销售量减少的数量乘以每件专利产品的利润计算得到。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。
所以这样规定，是因为原告往往难以举证证明其专利产品销售量因被告侵权而减少的数量，虽然证明侵权产品的销售量相对容易，但侵权产品的销售价格又远远低于专利产品的正常价格，如果将被告获利确定为赔偿额，不能弥补权利人的实际损失。
事实上，这种变通的计算赔偿额的办法早已在审判实践中为许多法院所采用，司法实践结果表明其符合大多数案件的实际情况，既切实保护了原告的合法权益，对被告也不失公平。
侵权人获利一般根据侵权产品的销售量乘以每件侵权产品的利润确定。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照产品销售利润计算。
考 虑到财务费用、管理费用一般在企业支出中占有相当大的比例，而正常情况下这些费用确实为被告的实际支出，因此应当将其从被告侵权所获利润中相应减掉，即按 照营业利润计算。在许多案件中，被告除生产侵权产品外还有其他产品，但其财务帐册中反映的费用是企业支出的总费用，这就需要法院根据实际情况从中划分出应 当合理分摊到侵权产品上的费用，有时还需要委托审计部门进行审计。
对于完全以侵权为业的被告，一方面由于其财务帐册一般很不规范，另一方面也为了体现对故意侵权的惩治力度，因此可以按照产品销售利润计算赔偿额。
另外，在以被告获利确定赔偿额时，还应当注意原告专利在侵权产品中所起作用或所占位置，原告专利只在侵权产品的某一小部分上被实施的，例如原告的专利只在被告产品包装的某一部分上被使用，则不宜将被告销售该产品的所有利润都确定为侵权赔偿额。
其次，该规定第二十一条对专利法第六十条专利许可使用费的“倍数”进行了解释，并对定额赔偿的适用予以明确规定。
该条规定，在上述两种计算方法均难以确定的情况下，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费数额以及该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该许可使用费的1至3倍确定赔偿数额。
其中“有专利许可使用可以参照”是指原告能够提供在相同行业或技术领域中同类相关专利的许可使用费情况的证据，并不必须是原告在诉讼前就涉案专利与他人签订专利许可合同中的许可使用费。
关于倍数问题，有一种观点认为，许可使用费一般是正常利润的50-60%，按照民事赔偿的填平原则，1倍的许可使用费并不足以赔偿权利人的损失，以1.5-2倍确定权利人的实际损失较为合理。由于专利法刚刚开始实施，该问题还有待司法实践的进一步探索和总结。
第二十一条还规定，没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。
根据该规定，在原告未提供专利许可使用费的有关证据，或者其提供的许可使用费与涉案专利明显没有可类比性时，则可以适用定额赔偿的规定。
需要强调的是，定额赔偿方法的适用是在前述三种方法均无法确定赔偿数额的情况下才考虑适用的，是在被告的侵权事实清楚，但原告不能举证证明其实际损失或者被告侵权获利，也不能提供可以参照的许可使用费的情况下，责令被告给予原告的一定经济赔偿。
这是针对知识产权侵权损害的特点，借鉴TRIPS协议“预先确定的赔偿额”或者一些国家实行的“法定赔偿额”的作法，设定的一种赔偿方法。最高人民法院为了便于各地法院在适用时掌握尺度，根据多年审判实践的经验将其幅度确定为人民币5000元至50万元，
此外，为了贯彻对知识产权侵权损害的全面赔偿原则，第二十二条规定，人民法院根据权利人的请求以及具体案情，可以将权利人因调查、制止侵权所支付的合理费用计算在赔偿数额范围之内。
有两点需要注意，一是将调查等费用计算在赔偿数额范围之内的前提是权利人提出请求，而且法院根据案件的具体情况认为可以支持;二是调查、制止侵权的合理费用不包括诉讼程序中的律师费。TRIPS协议关于损害赔偿的规定是“可以包括适当的律师费”，给予了成员国根据本国情况自行决定的较大余地。